La historia empieza con la destrucción de la tierra de Tidus, un joven jugador del deporte rey en ese mundo el blitzball, por causas desconocidas. Este se ha salvado milagrosamente y es tranportado al futuro dode se encuentra con Yuna, quien esta recorriendo el mundo buscando templos para poder invocar a los Eones y que estos le ayuden a destruir a la fuerza de la naturaleza conocida como Sinh.


Según va avanzando la historia, los personajes irán conociendo mas cosas sobre el pasado de Spira. Hace mil años, Spira era un lugar de increíbles avances tecnológicos con ciudades espectaculares. Pero de repente y sin que se sepan los motivos realmente, Sinh destruyó toda la civilización y desde entonces la gente ya no ha podido vivir como antes, sin tecnología y esperando a que en cualquier momento Sinh vuelva a atacar.

Tidus y Yuna tendrán que evitar que estos hechos puedan volver a ocurrir en su tiempo, un milenio después de la ultima destrucción de Sinh.